Expertise

La plateforme de génomique fonctionnelle de Nice Sophia Antipolis existe depuis 1999. Initialement orientée vers la conception, la fabrication et l'analyse de puces à ADN, elle a contribué à ouvrir cette nouvelle technologie à une large communauté, mettant à cette occasion en place un système d'information performant (Mediante), capable de gérer de grandes masses de données, et fonctionnant en production depuis plus de 10 ans.

Tout en fournissant encore aujourd'hui un service d'analyse de puces à ADN s'appuyant sur la technologie développée par Agilent, son activité s'est principalement réorientée vers des services de séquencage à haut-débit (Illumina NextSeq500), offrant dans ce contexte de nombreux types d'analyses des acides nucléiques, et une capacité pour analyser de grandes collections d'échantillons, y compris au niveau de la cellule unique. L'activité de routine concerne des applications comme le RNA-seq, le smallRNA-seq, le CHiP-seq, le CLIP-seq, le reséquencage, mais des projets spécifiques peuvent aussi etre mis en place dans des domaines moins standards, comme le séquencage de novo de génomes, ou certains protocoles particuliers : riboSeq, capSeq,... La plateforme se compose de 4 ingénieurs wet lab et de 4 bio-informaticiens.

Equipements

1. Pré-séquencage : Nanodrop, Bioanalyzer, Qubit, CovarisS2, Ion Chef, NeoPrep, Blue pippin
2. Analyse Single Cell : 10x Genomics Chromium, Fluidigm C1, Fluidigm Biomark
3. Séquencage : NextSeq500 Illumina, MinION et PromethION Oxford Nanopore Technology, Chromium 10X Genomics
4. Puces à ADN : High-Resolution Microarray Scanner Agilent, Station Affymetrix

Les résultats sont stockés automatiquement sur le portail d'informations de la plateforme Mediante. Cela concerne notamment les fichiers .BAM d'alignement, les fichiers .BW de couverture et l'ensemble des fichiers de l'analyse secondaire et des analyses statistiques conduites en partenariat avec le collaborateur. Sur demande l'ensemble des données brutes sont également mises à disposition et une aide est fournit pour la soumission des données vers la base de données publiques GEO (Gene Expression Omnibus).

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