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Université Nice Sophia-Antipolis

Formation école doctorale
Génomique: Bases de données, Microarrays, Séquençage à haut débit et Analyse de Données

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Gene Expression Omnibus (NCBI, USA)
ArrayExpress (EBI, UK)
UCSC Genome Browser (USA)
Ensembl Genome Browser (EBI, UK)
GenePattern (BroadInstitute)
IPA : Ingenuity Pathway Analysis

Program Program
Introduction aux Omiques et à la transcriptomique - Aperçu des différents types d'analyse et des outils - Introduction aux bases de données. (Karine Sermesant) Intro_omics.pdf
Les puces à ADN et séquençage à haut débit: présentation des technologies, application de la transcriptomique. (Laure-Emmanuelle Zaragosi) Tools.pdf
Session pratique (I) (Karine Robbe-Sermesant and Laure-Emmanuelle Zaragosi)
  • Initiation aux bases de données GEO et Array Express
  • Expression Atlas
  • Workshop1.zip
    Bases de la normalisation de données, des analyses statistiques et du clustering. (Karine Robbe-Sermesant) Statistical_analysis.pdf
    Hierachical clustering (Alexandra Popa) Clustering.pdf
    Session pratique (II) (Alexandra Popa, Nicolas Nottet, Karine Robbe-Sermesant, Agnes Paquet)
  • Analyse différentielle d’expression avec GEO2R
  • Clustering et application avec GenePattern
  • Initiation aux navigateurs de génomes (UCSC, Ensembl)
  • Workshop2.zip
    Analyse de données de séquençage à haut débit: alignement sur le génome, quantification des transcrits (Kevin Lebrigand). KL.IIary.analysis.pdf
    Exemple d’application: Analyse de données de séquençage de microARN (Laure-Emmanuelle Zaragosi) MicroARN.pdf
    Session pratique (III) (Kevin Lebrigand, Laure-E Zaragosi, Karine Robbe-Sermesant)
    Visualisation des données de séquençage sur navigateur de génome
    Workshop3.zip
    Le futur du séquençage à haut débit (Kevin Lebrigand) KL.futures.of.seq.pdf
    Interprétation biologique des études de transcriptomique: principaux objectifs des approches de « system biology » (Alexandra Popa) Systems_biology.pdf
    Session pratique (IV) (Alexandra Popa, Laure-E Zaragosi, Nicolas Nottet, Agnès Paquet)
    Intégration des données de transcriptomique avec les réseaux d'interactions et de régulation: formation sur IPA (Ingenuity Pathway Analysis)
    Workshop4.zip