Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire

MIRONTOP
mining microRNAs targets across large scale gene expression study

Cette page permet de visualiser les prédictions données par les différents logiciels de prédictions de cibles chargés dans miRonTop: TargetScan v7.0 et miRTarBase v6.0. Les prédictions de recherche de seed 2-7 exactes dans les UTRs ont étaient realisées directement sur nos serveurs en se basant sur la release v21 de mirbase (Jul.2014).
Statistiques des relations de targeting miARNs/Genes chargées dans miRonTop:
  • miRs: nombre de miARNs unique pour lesquels les prédictions de targeting sont repertoriées,
  • Genes: nombre de Gene ID unique (NCBI Genbank ID) pour lesquels les prédictions de targeting sont répertoriées,
  • Targets: nombre de prédictions de targeting miARNs/Gènes répertoriées

  •   Homo sapiens Mus musculus Rattus norvegicus
    Outil de prediction miRs Genes Targets miRs Genes Targets miRs Genes Targets
    Seed 2-7 (UTR) 2.588 25.378 15.456.912 1.915 27.687 11.873.309 765 16.303 2.107.031
    miRTarBase v6.0 2.588 14.640 319.912 756 7.012 38.522 138 225 418
    TargetScan v7.0 all sites 2.585 17.502 9.281.002 1.913 14.265 4.512.038 765 13.003 1.563.973
    TargetScan v7.0 conserved sites only 381 11.364 202.321 378 9.452 144.394 304 8.611 101.483
    TargetScan v7.0 non conserved sites only 2.585 17.502 9.149.321 1.913 14.264 4.408.670 765 13.001 1.490.612


    If you make use of the data presented here, please cite the following article:
    MiRonTop: mining microRNAs targets across large scale gene expression studies.
    Le Brigand K, Robbe-Sermesant K, Mari B, Barbry P.
    Bioinformatics, 2010 Oct 19.