Expertise

La plateforme de génomique fonctionnelle de Nice Sophia Antipolis existe depuis 1999. Initialement orientée vers la conception, la fabrication et l'analyse de puces à ADN, elle a contribué à ouvrir cette nouvelle technologie à une large communauté, mettant à cette occasion en place un système d'information performant (Mediante), capable de gérer de grandes masses de données, et fonctionnant en production depuis plus de 20 ans.

Son activité s'est maintenant réorientée vers des services de séquencage à haut-débit (Illumina NextSeq500), offrant dans ce contexte de nombreux types d'analyses des acides nucléiques, et une capacité pour analyser de grandes collections d'échantillons, y compris au niveau de la cellule unique.

L'activité de routine concerne des applications comme le Séquençage à haut-débit sur séquenceur Illumina NextSeq 2000 et Promethion (RNA-seq, DNA-seq, ...), le profilage d'expression génomique sur cellule unique sur technologie 10xGenomics Chromium et Parse bioscience (scRNA-seq, scVDJ-seq, scATAC-seq, ...), le séquençage longue lecture (Nanopore) de librairies scRNA-seq : ScNaUmi-seq. Et plus récemment la spatiale transcriptomique Merscope (Vizgen®) et Xenium (10x Genomics®). La plateforme se compose de 5 ingénieurs wet lab et de 2 bio-informaticiens.

Equipements

1. Contrôle qualité : Nanodrop™, Bioanalyzer, Qubit®, Blue pippin
2. Analyse Single Cell : Chromium X (10x Genomics®)
3. Séquencage : NextSeq500 Illumina, MinION et PromethION Oxford Nanopore Technology®
4. Spatiale Transcriptomique : Merscope (Vizgen®), Xenium (10x Genomics®)
5. Robots : Assist plus (Integra®), Opentrons.

Les résultats sont stockés automatiquement sur le portail d'informations de la plateforme Mediante. Cela concerne notamment les fichiers .BAM d'alignement, les fichiers .BW de couverture et l'ensemble des fichiers de l'analyse secondaire et des analyses statistiques conduites en partenariat avec le collaborateur. Sur demande l'ensemble des données brutes sont également mises à disposition et une aide est fournit pour la soumission des données vers la base de données publiques GEO (Gene Expression Omnibus).

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