Expertise

La plateforme de génomique fonctionnelle de Nice Sophia Antipolis existe depuis 1999. Initialement orientée vers la conception, la fabrication et l'analyse de puces à ADN, elle a contribué à ouvrir cette nouvelle technologie à une large communauté, mettant à cette occasion en place un système d'information performant (Mediante), capable de gérer de grandes masses de données, et fonctionnant en production depuis plus de 10 ans.

Tout en fournissant encore aujourd'hui un service d'analyse de puces à ADN s'appuyant sur la technologie développée par Agilent, son activité s'est principalement réorientée vers des services de séquencage à haut-débit (Illumina NextSeq500), offrant dans ce contexte de nombreux types d'analyses des acides nucléiques, et une capacité pour analyser de grandes collections d'échantillons, y compris au niveau de la cellule unique. L'activité de routine concerne des applications comme le RNA-seq, le smallRNA-seq, le CHiP-seq, le CLIP-seq, le reséquencage, mais des projets spécifiques peuvent aussi etre mis en place dans des domaines moins standards, comme le séquencage de novo de génomes, ou certains protocoles particuliers : riboSeq, capSeq,... La plateforme se compose de 4 ingénieurs wet lab et de 4 bio-informaticiens.

Equipements

1. Pré-séquencage : Nanodrop, Bioanalyzer, Qubit, CovarisS2, Ion Chef, NeoPrep, Blue pippin
2. Analyse Single Cell : 10x Genomics Chromium, Fluidigm C1, Fluidigm Biomark
3. Séquencage : NextSeq500 Illumina, MinION et PromethION Oxford Nanopore Technology, Chromium 10X Genomics
4. Puces à ADN : High-Resolution Microarray Scanner Agilent, Station Affymetrix

Les résultats sont stockés automatiquement sur le portail d'informations de la plateforme Mediante. Cela concerne notamment les fichiers .BAM d'alignement, les fichiers .BW de couverture et l'ensemble des fichiers de l'analyse secondaire et des analyses statistiques conduites en partenariat avec le collaborateur. Sur demande l'ensemble des données brutes sont également mises à disposition et une aide est fournit pour la soumission des données vers la base de données publiques GEO (Gene Expression Omnibus).

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Moreno-Leon Laura

Tissue inhibitor of metalloproteinases-1 (TIMP-1) recently emerged as a pro-metastatic factor highly associated with poor prognosis in a number of cancers. This correlation seemed paradox as TIMP-1 is best described as an inhibitor of pro-tumourigenic matrix metalloproteinases. Only recently, TIMP-1 has been revealed as a signalling molecule that can regulate cancer progression independent of its inhibitory properties. In the present study, we demonstrate that an increase of both exogenous and endogenous TIMP-1 led to the upregulation of miR-210 in a CD63/PI3K/AKT/HIF-1-dependent pathway in lung adenocarcinoma cells. TIMP-1 induced P110/P85 PI3K-signalling and AKT phosphorylation. It also led to increase of HIF-1α protein levels positively correlating with HIF-1-regulated mRNA expression and upregulation of the microRNA miR-210. Downstream targets of miR-210, namely FGFRL1, E2F3, VMP-1, RAD52 and SDHD, were decreased in the presence of TIMP-1. Upon the overexpression of TIMP-1 in tumour cells, miR-210 was accumulated in exosomes in vitro and in vivo. These exosomes promoted tube formation activity in human umbilical vein endothelial cell (HUVECs), which was reflected in increased angiogenesis in A549L-derived tumour xenografts. Activation and elevation of PI3K, AKT, HIF-1A and miR-210 in tumours additionally confirmed our in vitro data. This new pro-tumourigenic signalling function of TIMP-1 may explain why elevated TIMP-1 levels in lung cancer patients are highly correlated with poor prognosis.Oncogene advance online publication, 29 September 2014; doi:10.1038/onc.2014.300.